Muỗi là loài vật gây nhiều cái chết cho con người nhất — khoảng vài trăm nghìn mạng mỗi năm, chủ yếu do sốt rét. Khi chúng biến mất, các bệnh do muỗi truyền như sốt rét, sốt xuất huyết, Zika mất luôn vật trung gian lây lan chính. Ở nhiều vùng nhiệt đới, gánh nặng bệnh tật có thể giảm mạnh chỉ sau một mùa, và với vô số gia đình sống trong vùng dịch, đây là thay đổi thực sự mang tính cứu mạng.

Về mặt sinh thái, cá, chim, dơi, ếch nhái vốn ăn muỗi và lăng quăng sẽ hụt một phần thức ăn, nhưng đa số chúng ăn tạp nên có thể xoay sang con mồi khác. Một số cây được muỗi đực thụ phấn khi hút mật phải trông vào côn trùng khác. Nhìn tổng thể, phần lớn nhà khoa học cho rằng hệ sinh thái sẽ tự chỉnh lại được — khác hẳn cú sốc nếu mất đàn ong, những kẻ thụ phấn gần như không thể thay thế.

Muỗi truyền bệnh vì khi hút máu, chúng vô tình đưa mầm bệnh từ người hoặc con vật này sang người khác. Chỉ muỗi cái mới hút máu để nuôi trứng, còn muỗi đực ăn mật hoa. Trong hàng nghìn loài muỗi trên thế giới, chỉ một phần nhỏ thực sự truyền bệnh cho người, nên vai trò sinh thái của cả nhóm ít "không thể thay thế" hơn nhiều so với các loài thụ phấn chủ lực.

Có người nghĩ diệt sạch muỗi sẽ làm sập cả hệ sinh thái. Phần lớn nghiên cứu lại cho thấy tác động chỉ cục bộ và có thể bù đắp, trong khi lợi ích sức khoẻ là khổng lồ. Dĩ nhiên đây là giả định tham khảo — ngoài đời ta vừa khó vừa không nên xoá sổ trọn vẹn cả một nhóm loài.