Dưới mỗi phễu thoát sàn hoặc bồn rửa trong nhà tắm đều có một đoạn ống uốn cong hình chữ U hoặc chữ P, gọi là xi-phông, có chức năng giữ lại một lớp nước thường trực bên trong. Lớp nước này đóng vai trò như một cái nút chặn tự nhiên, ngăn không cho khí hôi từ đường ống thoát nước chung của cả tòa nhà bốc ngược lên phòng tắm. Khi phòng tắm ít sử dụng trong nhiều ngày, chẳng hạn lúc cả nhà đi du lịch, lớp nước trong xi-phông có thể bốc hơi dần và cạn đi, khiến nút chặn mất tác dụng và mùi hôi cống theo đó thoát lên.

Ngoài việc bốc hơi tự nhiên do lâu không dùng, xi-phông còn có thể mất nước do áp suất thay đổi đột ngột trong đường ống khi xả nước bồn cầu hoặc máy giặt cùng lúc, tạo hiệu ứng hút chân không kéo nước trong xi-phông đi theo. Cặn xà phòng, tóc rụng hay dầu mỡ tích tụ lâu ngày trong ống cũng tự sinh mùi hôi do vi khuẩn phân hủy chất hữu cơ, kể cả khi xi-phông vẫn còn đủ nước. Đường ống thoát nước không được lắp đặt đúng độ dốc hoặc thiếu ống thông hơi trên mái cũng khiến áp suất trong hệ thống mất cân bằng, góp phần đẩy mùi hôi ngược lên các điểm thoát nước thấp nhất.

Một gia đình đi nghỉ lễ 5-7 ngày trở về thường ngửi thấy mùi hôi nồng ngay khi bước vào phòng tắm dù trước đó không hề có mùi gì. Chỉ cần xả một ca nước đầy vào phễu thoát sàn, lớp nước trong xi-phông được bổ sung lại và mùi hôi biến mất gần như ngay lập tức. Nhiều thợ sửa ống nước khuyên nên đổ nước vào các phễu thoát ít dùng như nhà vệ sinh khách, ban công mỗi tuần một lần để duy trì lớp nước chặn mùi này.

Nhiều người khi ngửi mùi hôi cống liền nghĩ ngay đường ống bị vỡ hoặc tắc nghẽn nghiêm trọng, vội gọi thợ đến đào lại cả hệ thống thoát nước. Thực tế phần lớn trường hợp chỉ đơn giản là xi-phông cạn nước tạm thời, có thể tự khắc phục bằng cách đổ nước bổ sung mà không cần can thiệp gì phức tạp. Chỉ khi đã đổ nước mà mùi vẫn không hết, lúc đó mới nên nghĩ tới khả năng ống bị nứt, tắc hoặc thiếu ống thông hơi thực sự.