Mã QR không chỉ đơn thuần lưu dữ liệu trong các ô vuông đen trắng, mà còn nhúng thêm những mã sửa lỗi được tính toán sẵn dựa trên chính dữ liệu đó, theo một kỹ thuật gọi là Reed-Solomon. Nói nôm na, mã QR viết dữ liệu hai lần theo hai cách khác nhau: một lần là dữ liệu gốc, một lần là các phép tính dự phòng giúp suy ngược lại phần dữ liệu gốc nếu nó bị mất. Khi máy quét gặp một vùng mã bị che, bẩn hoặc rách, nó dùng phần dữ liệu dự phòng còn nguyên vẹn để tính toán và khôi phục lại đúng phần bị thiếu.

Chuẩn mã QR cho phép người tạo mã chọn một trong bốn mức sửa lỗi: thấp nhất chịu được khoảng 7% diện tích hỏng, và cao nhất chịu được tới khoảng 30% diện tích hỏng mà vẫn đọc đúng. Mức sửa lỗi cao hơn đồng nghĩa với việc phải hy sinh một phần không gian chứa dữ liệu gốc để dành cho dữ liệu dự phòng, nên mã QR dùng cho quảng cáo (thường có logo che ở giữa) hay in trên bao bì dễ trầy xước thường được tạo ở mức sửa lỗi cao nhất ngay từ đầu. Ba ô vuông lớn ở ba góc mã QR (gọi là ô định vị) cũng đóng vai trò quan trọng: chúng giúp máy quét xác định đúng hướng và kích thước mã trước khi đọc dữ liệu, nên nếu cả ba góc này cùng lúc bị che thì khả năng đọc được sẽ giảm mạnh, dù phần giữa mã vẫn còn nguyên.

Đó là lý do nhiều mã QR quảng cáo, menu nhà hàng có logo thương hiệu đặt chồng ngay giữa mã mà vẫn quét bình thường, phần giữa mã bị logo che chiếm một tỷ lệ nhỏ và nằm trong ngưỡng sửa lỗi cho phép. Ngược lại, một mã QR in nhỏ trên tem sản phẩm bị dán đè, bị ướt nhòe mực ở góc có ô định vị thường quét thất bại nhiều lần hơn, vì phần hỏng đúng vào chỗ máy dùng để định hướng đọc mã.

Nhiều người nghĩ mã QR càng nhiều ô vuông (dữ liệu càng dài) thì càng dễ đọc, nhưng thực ra mã càng chứa nhiều dữ liệu thì mỗi ô càng nhỏ và cần độ phân giải camera cao hơn để quét chính xác, dễ lỗi hơn nếu in nhỏ. Cũng có người tưởng che bao nhiêu mã QR cũng đọc được miễn công nghệ hiện đại, nhưng khả năng sửa lỗi có giới hạn rõ ràng theo mức đã chọn lúc tạo mã, che quá ngưỡng đó mã sẽ không đọc được nữa.