Trong quá trình đi vệ sinh, dù cẩn thận tới đâu, tay vẫn có nguy cơ tiếp xúc với một lượng nhỏ vi khuẩn từ chất thải, qua việc chạm vào giấy vệ sinh, vòi xả hay các bề mặt trong nhà vệ sinh. Ruột người chứa hàng tỷ vi khuẩn, phần lớn vô hại khi ở đúng chỗ trong đường ruột nhưng có thể gây bệnh nếu lây sang thức ăn hoặc đồ vật khác. Nếu không rửa tay sạch sau đó, những vi khuẩn này bám lại trên tay và dễ dàng lan sang tay nắm cửa, điện thoại hay thức ăn mà tay chạm vào tiếp theo. Rửa tay bằng xà phòng ngay sau khi đi vệ sinh cắt đứt chuỗi lây lan này ngay từ bước đầu tiên.

Nguyên nhân cốt lõi là con đường lây truyền phân-miệng, nơi vi khuẩn từ chất thải của một người, qua tay chưa rửa sạch, cuối cùng lại xâm nhập vào cơ thể người khác qua thức ăn hoặc đồ vật chung. Nhiều tác nhân gây tiêu chảy, viêm gan A hay các bệnh đường ruột khác lây lan chủ yếu theo cách này, đặc biệt ở nơi đông người dùng chung nhà vệ sinh như trường học, văn phòng. Xà phòng phá vỡ lớp màng bảo vệ của vi khuẩn và vi rút, khiến chúng dễ bị nước cuốn trôi khỏi da tay hơn hẳn so với chỉ tráng nước. Thời gian chà xát đủ lâu, khoảng hai mươi giây, giúp xà phòng len vào các kẽ tay, dưới móng, nơi vi khuẩn thường ẩn náu nhiều nhất.

Các nghiên cứu về vệ sinh công cộng từng chỉ ra rằng một tỷ lệ không nhỏ người sau khi đi vệ sinh chỉ tráng qua nước hoặc bỏ qua bước rửa tay hoàn toàn, góp phần làm tăng nguy cơ lây lan các bệnh tiêu chảy trong cộng đồng. Ở trường học, các đợt dịch tiêu chảy hay tay chân miệng thường lan nhanh hơn khi học sinh không có thói quen rửa tay sau khi đi vệ sinh và trước khi ăn. Nhiều nhà vệ sinh công cộng hiện nay đặt bảng hướng dẫn rửa tay ngay cạnh bồn rửa để nhắc nhở người dùng thực hiện đúng các bước.

Nhiều người nghĩ chỉ cần cảm giác tay không dính bẩn là đủ, nhưng vi khuẩn từ chất thải nhỏ tới mức không thể nhìn thấy bằng mắt thường dù tay có vẻ hoàn toàn sạch. Cũng có người chỉ rửa tay qua loa vài giây cho có lệ, trong khi cần chà xát đủ lâu với xà phòng để loại bỏ phần lớn vi khuẩn bám trên da. Dùng nước rửa tay khô có cồn là giải pháp tạm thời khi không có xà phòng và nước, nhưng xà phòng cùng nước sạch vẫn là cách hiệu quả nhất sau khi đi vệ sinh.